भारत गगनयान मिशन के अलावा समुद्रयान मिशन पर भी काम कर रहा है। यह भारत का पहला गहरा समुद्री मिशन होगा, जिसमें वैज्ञानिक भी गोता लगाएंगे। जिस पनडुब्बी का इस्तेमाल होगा, उसका नाम मत्स्य-6000 (Matsya-6000) रखा गया है। एक रिपोर्ट के अनुसार, इस मिशन के अहम मॉड्यूल को इसरो डेवलप कर रहा है। उसे बनाने में टाइटेनियम का इस्तेमाल हो रहा है। मॉड्यूल पानी में 6 हजार मीटर गहराई तक जा सकेगा।